As obras do Porto do Itaqui foram iniciadas em 1966 e prosseguiram até 1972. Em 1976 foram concluídos os trechos dos berços 101 e 103. Em 1994, a extensão do cais foi ampliada com a construção dos berços 104 e 105. Em 1999, foram realizadas as obras do berço 106. Com 420m de extensão, esse berço permite a atracação de navios de até 200.000 DWT. De 1973 até 2001, o Porto do Itaqui foi administrado pela Companhia Docas do Maranhão – Codomar subordinada ao governo federal.

Em 1° de fevereiro de 2001, através do convênio n° 016/00 assinado entre o Ministério dos Transportes e o Governo do Estado do Maranhão, o Porto do Itaqui passou a ser Administrado pela Empresa Maranhense de Administração Portuária - EMAP. A empresa vem, desde então,dedicando-se à missão de adequar a administração do porto ao planejamento do governo do estado e às necessidades regionais.